Al ritorno dalle sue avventure, Prescott racconta a Ophelia e al padre dei diabolici intrighi di un misterioso Cardinale, così i due ragazzi decidono di salire a bordo dello stesso treno su cui lui sta viaggiando, per continuare le indagini ... Addentrati in quest'avventura, usando il MOUSE per interagire col gioco. Clicca nei punti sensibili del quadro per mandare il tuo personaggio in quella direzione, o per esaminare e raccogliere degli oggetti. Gli oggetti raccolti verranno inseriti nell'inventario (in basso a sinistra), e potranno essere utilizzati in due modi: alcune volte dovrai semplicemente cliccare sull'icona per attivare un oggetto, mentre in altre occasioni avrai bisogno di cliccarlo e trascinarlo in un punto preciso del quadro o su un personaggio. Ogni personaggio di questa serie è dotato di proprie caratteristiche, abilità ed esperienza; Ophelia è in grado di trovare gli indizi usando il potere della sua mente, Prescott sarà necessario per le sue doti tecniche e manuali, e Gregor si renderà indispensabile per decifrare documenti scientifici e linguaggi sconosciuti.